У аэро, засланки такой, видишь ли, эксклюзивный доступ, приходится его отчекрыживать. Нативные Виста+ полноэкранные приложения выключают DWM при переходе в фуллскрин (любые игры например), а при выходе из фуллскрина восстанавливают. FreeDO, как оказалось, этого не делает по уважительной причине, он просто не знает о существовании DWM.