С этим по идее должно быть всё просто, ведь эмулятор сам не сбрасывается при переключении образов. Может момент для смены не подходящий. Ещё вариант попробовать запустить сразу 2-ой образ...
P.S. Игре нужен ресет при смене диска, на FreeDO 1.9 он не работает ни автомат. ни вручную (на Фениксе для этого есть кнопка питания). Поэтому только вариант запустить 2-й образ сразу.